Covid… Seriye üçüncü makale ile devam ediyoruz.

Makale notu: This is the accepted version of a paper published in Journal of Travel Medicine. This paper has been peer-reviewed but does not include the final publisher proof-corrections or journal pagination. (Makale hakemli olarak incelenmiştir. Journal of Travel Medicine’de yayınlanan makalenin başka versiyonudur, kabul edilmiştir. Fakat nihai düzenleyicinin kanıt düzeltmelerini içermemektedir.)

Makale yayın tarihi: 13-27 Mart 2020 olarak iki kere yayınlanmıştır.

MAKALE | COVID-19’un Üreme Sayısı SARS Koronavirüsüne Kıyasla Daha Fazla

Yazar: Derya Deniz
Editör:Taha Berk Arslan

Bu makalede COVID-19 olarak adlandırılan yeni tip koronavirüsün R0 değerine bakılıyor, ana tema bu. [Eklemeler: Bu yeni tip koronavirüsün COVID-19 dışında ”SARS CoV-2, 2019-nCoV gibi başka isimleri de mevcut. SARS CoV-2 denmesinin sebebi, 2000’li yıllarında başında çıkan SARS olarak adlandırılan koronavirüse genetik açıdan %80 oranında benziyor olmasından kaynaklanıyor. nCoV (Novel koronavirüs) denmesinin sebebi ise, yeni tip bir virüs olması. Bunların dışında insandan insana geçtiği için ”Human Coronavirus” de denmektedir. COVID-19’un R0 değeri ise, bir virüsün üreme sayısını gösteren değeri ifade etmektedir. Bu üreme sayısı, yayılma riskini de ifade etmekte.]

Çalışma için literatür üzerinden ”2019-nCoV ve üreme sayısı” başlıklı yapılan aramalar sonucu 1 Ocak-7 Şubat tarihleri arasında yayınlanmış 12 makale tespit edilmiş. Aşağıdaki tabloda tahminlerin ortalamaları mevcut. [Ekleme: Literatür=Google Scholar, PubMed ve bioRxiv]

Figür 1: Tabloda, 18-20-22-24-30 Ocak tarihlerinde Covid-19’un üreme sayısı tahminlerini görüyoruz. 12 çalışma sonucu ortaya konmuş tahminler yer almakta. Tahminler 1.4 ile 6.49 arasında değişmektedir. Bu değerlerde ortalama: 3.38, ortanca: 2.59 ve çeyrekler açıklığı: 1.6. Tahminlerin başta düşük değerler ortaya koyduğu, daha sonra bu değerlerin arttığı ve çalışmalar ilerledikçe değerlerin başlangıçtaki seviyelere düştüğü görülmektedir. Bunun nedeninin tahmin yöntemi olduğu düşünülmekte.

Tablo 1: Tabloda 12 çalışmada sırasıyla: Çalışma/çalışma yılı – konum – kullanılan yöntem – yaklaşımlar – R0 ortalama değer (tahmin). R0 değerini tahmin etmek için stokastik yöntemler kullanan iki çalışma tahmini R0 değerini 2.2 ile 2.68 aralığında belirtmiştir (ortalaması: 2.44). Tahmin için matematiksel yöntemler kullanan çalışmalar R0 değerini 1.5 ile 6.49 aralığında belirtmiştir (ortalaması: 4.2). Üstel büyüme gibi istatistiksel yöntemleri kullanan üç çalışma ise R0 değerini 2.62 ile 3.68 aralığında belirtmiştir (ortalaması: 2.67). / [Ekleme: Tablonun tam haline makaleden ulaşabilirsiniz].

Makalenin derlediği verilere göre; ortalama R0 değeri: 3.28, medyan: 2.79, çeyrekler açıklığı: 1.16. Dünya Sağlık Örgütü’nün tahmin verileri ise 1.4 ile 2.5 arasında. WHO aralığının üst ucu (2.5), çalışmalardaki tahminlerin alt ucuna karşılık gelmektedir. Matematiksel yöntemler kullanılarak R0 değerini tahmin eden çalışmalar, yüksek tahminler ortaya koyarken istatistiksel ya da stokastik yöntemler kullanılarak R0 değerini tahmin eden çalışmalar daha makul ve karşılaştırılabilir tahminler ortaya koymuştur. Daha sonraki tahminlerin, zaman ilerledikçe, daha güvenilir sonuçlar vermesi muhtemeldir zira vaka sayıları artmakta, öte yandan da müdahaleler ve farkındalık hız kazanmaktadır.

Covid

SARS için R0 tahmin aralığı 2-5 olarak bildirilmiştir. Bu aralık, COVID-19’un R0 ortalama aralığı için de geçerlidir. SARS ile COVID-19’un genetik benzerliği sebebiyle bu benzerlik, beklenen bir şeydir. Fakat artan önlemlere ve farkındalığa rağmen COVID-19’un SARS’tan daha yaygın ilerlemesi, SARS’tan daha bulaşıcı olduğunun göstergesidir.

Bu çalışmalarda yetersiz veri ve kısa zaman aralığı sebebiyle ortaya konan tahmini R0 değerleri, muhtemelen önyargılıdır. Zaman geçtikçe ve daha fazla veri biriktikçe tahmin konusundaki güvenilirlik artabilir. Bu gibi durumları esas aldığımızda R0 için beklenen tahmini değer 2-3 civarındadır ve bu beklenen değer, WHO’nun değerleri ile tutarlıdır.

EK NOTLAR:

Makale biraz karışık gelebilir. O yüzden genel bir özet ile sonlandırmak istiyorum. Makalede amaç, R0 olarak bildiğimiz bir virüsün üreme sayısını, COVID-19 virüsü açısından değerlendirmek. Bir virüs üremeye başladıysa kullandığı konağı enfekte etmiş demektir. Zira virüslerin kendi metabolizmaları yoktur; kimyasal reaksiyon gerçekleştirmezler. Anabolizma-katabolizma olarak bilinen yapım ve yıkım işlemlerini virüslerde göremeyiz. İnsan vücuduna baktığımızda kimyasal reaksiyonların enzimler aracılığı ile gerçekleştiğini görmekteyiz. Metabolizmaya sahip olmak, kimyasal reaksiyonların sorunsuz işliyor olması, canlılık için önemli kriterlerdendir. Bu yüzden virüsleri ”canlı” olarak adlandırmayız. ”Cansız” olarak adlandırma konusunda da şüpheler bulunmaktadır. COVID-19 virüsü, bir RNA virüsüdür. Dışta glikoprotein ve glikolipit yapıdan oluşan bir kapsülü ve bir RNA’sı vardır. Temel olarak bir virüs, genetik materyal, protein ve lipitlerden oluşur. Üremek için ise bir konak hücreye ihtiyaç duyar. Hücreye girdikten sonra o hücreyi kullanarak üremeye başlar. Bu yüzden R0, yani üreme sayısı, salgın konusunda bize bilgiler sağlayacak bir değerdir.

Bu çalışma da, bir ay kadar bir süre aralığında COVID-19’un R0 değeri ile ilgili yapılmış 12 çalışmadan ortaya çıkan tahmini R0 değerlerini incelemiştir. Bu çalışmalara bakıldığında farklı R0 değerlerini görebiliyoruz. Bunun nedeninin bu değeri tahmin etme konusunda kullanılan metotların farklılığı olduğu düşünülmüştür. Genel olarak çalışmalardan elde edilen ortalama R0 değeri 3.28’tir. Fakat elbette zaman geçtikçe, vaka sayısı arttıkça ve buna paralel olarak alınan önlemler arttırılıp farkındalık ilerledikçe R0 değerinin güvenilirliği noktasında yapılan çalışmalar daha doğru sonuçlar verecektir. Bu makalenin öngördüğü, R0 değerinin 2-3 arasında bir değerde olacağıdır ki bu da Dünya Sağlık Örgütü’nün belirlediği tahmini aralıkla tutarlıdır. Ayrıca COVID-19 için tahmini R0 değerinin SARS için belirlenen R0 değeri ile de tutarlı olduğunu görebilmekteyiz.

Bu da beklenilen bir durumdur çünkü bu iki koronavirüs tipi arasında genetik açıdan yüksek benzerlikler vardır. Ek olarak, bu tutarlılığa ve alınan önlemlere rağmen COVID-19’un hızla yayılmasının nedeni şüphesiz ki SARS’tan daha bulaşıcı olmasıyla da alakalıdır. Kuluçka süreleri üzerinden de bunu görebilmekteyiz. SARS 1-7 gün arasında bir kuluçka süresine sahipken COVID-19 için bu 2-14 gün arasındadır. Üstelik asemptomatik kişilerin, semptom göstermedikleri ve hasta olduklarını bilmedikleri için, bu 14 günlük süre içerisinde başkalarına bulaştırmaları da COVID-19’u SARS’tan daha bulaşıcı yapan etmenlerden biridir.

Makale: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32052846

DOI: 10.1093/jtm/taaa021

PMID: 32052846